После окончания института Геннадий Семенович Казанин работал во ВНИИ геофизических методов разведки (Наро-Фоминский район Московской области) инженером, старшим инженером, а затем старшим геофизиком.
В 1978 году Геннадий Семенович получил приглашение на работу в Мурманск, в Комплексную морскую арктическую геолого-геофизическую экспедицию (КМАГЭ, с 1981 года – МАГЭ) на должность старшего геофизика. Новая работа обещала быть трудной, но увлекательной: экспедиция занималась исследованием шельфа Баренцева и Карского морей; Северного Ледовитого океана, Атлантического и Тихого океанов.
С 1983 по 1999 год Геннадий Казанин ‒ главный инженер МАГЭ.
Он руководил экспедициями в различных районах Мирового океана, проводил техническое перевооружение судов и экономические преобразования для перехода предприятия на рыночные условия работы.
В июне 1999 года Г.С. Казанин был назначен генеральным директором ОАО «МАГЭ» (с 2020 года – АО «МАГЭ»). В те годы проводились лишь редкие экспедиции на российском шельфе, и одно-два судна МАГЭ работали на международном рынке, однако Геннадию Казанину удалось не только сохранить технический потенциал предприятия, но и пополнить штат ключевых специалистов. Благодаря его усилиям компания смогла в короткие сроки переоснастить суда и вычислительный центр и стать конкурентоспособной в экономических реалиях 2000-х годов.